Утром в среду, 19 июня, было приостановлено движение поездов по Серпуховско-Тимирязевской линии. На станции "Бульвар Дмитрия Донского" пассажиров попросили освободить поезд. По громкой связи сообщили, что поездов не будет по техническим причинам, и предложили пользоваться наземным транспортом. Между тем, как сообщают очевидцы, от "Пражской" поезда продолжают ходить, но с увеличенным интервалом — около 10 минут.
11 июня из-за поломки нового поезда движение на серой ветке также было затруднено. Один из поездов застрял в туннеле на 50 минут между станциями "Серпуховская" и "Тульская".
5 июня 2013 года в метро возникло задымление на перегоне между станциями "Охотный ряд" и "Библиотека имени Ленина". Со станций были эвакуированы 4500 пассажиров. Задымление стало следствием короткого замыкания силового кабеля, который питал контактный рельс.
