Медхи Бенатиа всю карьеру провел в Европе и успел поиграть в трех странах. Опытный защитник и капитан сборной Марокко по футболу начинал карьеру в "Марселе", но раскрыться смог в другом французском клубе "Клермон", откуда его в 2010 году забрал итальянский "Удинезе".

В "Удинезе" Бенатиа провел два сезона и в 2013 году перешел в другой итальянский клуб "Рому". В Риме марокканский защитник провел только один сезон и в августе 2014 года заключил пятилетнее соглашение с мюнхенской "Баварией". Сумма трансфера составила порядка 30 миллионов евро.

Именно с "Баварией" Бенатиа завоевал свои первые трофеи. В сезонах-2014-2015 и 2015-2016 мюнхенский клуб с Бенатиа в составе выиграл чемпионат страны, а в 2016 году стал обладателем Кубка Германии.

В июле 2016 года Бенатиа за 3 млн евро был отдан в аренду на один сезон в итальянский "Ювентус". Соглашение между клубами предусматривало возможность выкупа контракта игрока за 17 млн евро и в мае 2017 года туринский клуб воспользовался возможностью приобрести Бенатиа, заключив с ним долгосрочный контракт до 30 июня 2020 года. В составе "Ювентуса" Бенатиа уже успел выиграть чемпионат и Кубок Италии, а также сыграть в финале Лиги чемпионов.

Международную карьеру Бенатиа начинал в юношеской сборной Франции, однако в 2005 году решил выступать за Марокко. За главную сборную страны защитник дебютировал в 2008 году в матче против Замбии. В составе марокканцев Бенатиа, которому 17 апреля исполнился 31 год, выходил на поле 46 раз во всех турнирах и смог забить два гола.