Счетная палата РФ выявила серьезные финансовые нарушения в деятельности администрации города Байконур. В результате в федеральный бюджет России только в 2001 году не поступило 19,4 млрд рублей.Серьезные финансовые нарушения выявила Счетная палата РФ в ходе проверки обоснованности предоставления налоговых льгот и средств федерального бюджета на территории города Байконур. В результате в федеральный бюджет России в 2001 году не поступило 19,4 млрд рублей. В этой связи коллегия Счетной палаты направила представления в российское правительство и администрацию города Байконур, а также проинформировала президента РФ.

В соответствии с соглашением между Россией и Казахстаном, Россия использует космодром Байконур и выделяет средства на содержание инфраструктуры города Байконур. При этом предприятиям и организациям, зарегистрированным на территории города предоставляются льготы по федеральным налогам. Предполагалось, что в обмен они инвестируют в развитие городской инфраструктуры не менее 3 процентов средств, полученных за счет льгот. Однако этого не произошло.