Теракты 11 сентября планировались в течение пяти лет и задумывались как более масштабные, утверждает один из лидеров "Аль-Каиды" Халид Шейх Мохаммед. По его словам, террористы собирались угнать десять самолетов. Кроме США, удару должна была подвергнуться также Юго-Восточная Азия.Арестованный весной 2003 года один из главарей "Аль-Каиды" Халид Шейх Мохаммед утверждает, что 11 сентября 2001 года планировались "более масштабные теракты". Халид Шейх Мохаммед признался, что теракты планировались им и Усамой бен Ладеном с 1996 года. Согласно первоначальному плану, намечалось угнать десять пассажирских самолетов. Атака террористов делилась на две "волны", причем удару должны были также подвергнуться города на Западном побережье США и в Юго-Восточной Азии.

Однако в ходе подготовки главари террористов существенно урезали план, заменив, по решению Усамы бен Ладена, представителей нескольких стран на выходцев из Саудовской Аравии. Это, по мнению спецслужб, связано в том числе с тем, что саудовцы легче могли въехать в США, учитывая хорошие отношения между двумя странами.

Показания Халида Шейха Мохаммеда обратили внимание следствия на угонщиков самолета, обрушившегося на Пентагон, Халида аль-Михдхара и Навафа аль-Хазми. По его словам, они сыграли в организации терактов даже более важную роль, чем Мохаммед Атта, первоначально считавшийся важнейшим соучастником этого преступления.