Исполняющим обязанности главы университета назначен Евгений Лубашев. В обращении первичной профсоюзной организации к российскому лидеру указано, что речь может идти о "незаконной деятельности", которую необходимо пресечь, а Запесоцкого вернуть к работе.
Решение об отстранении Запесоцкого от руководства вузом принял 25 сентября 2025 года Арбитражный суд Северной столицы. Оно было мотивировано тем, что ректор может организовать публичные мероприятия "с целью противодействия изъятию госимущества из незаконного владения, для чего, учитывая должностное положение, могут быть привлечены студенты и трудовой коллектив". С соответствующим иском в инстанцию обращалась Генпрокуратура РФ.
Ведомство требует изъять в пользу государства недвижимость, принадлежащую Федерации независимых профсоюзов России, общей площадью более 55 тысяч квадратных метров, в том числе – общежитие и учебный корпус СПбГУП.
