Первое покушение на Рыбина, который в тот период был управляющим компании "Ист Петролеум Хандельсгез м.б.х.", произошло в ноябре 1998-го года. Тогда предприниматель сумел скрыться от киллера. Второе покушение наемники, выполнявшие заказ службы безопасности ЮКОСа, попытались осуществить в марте 1999-го.
По маршруту следования авто Рыбина с охраной была заложена бомба. В момент проезда авто СВУ должно было сдетонировать.
"Взрыв был очень мощный. Автомобиль практически развалило. Водителю оторвало ноги по пояс, сидевшему сзади охраннику ноги оторвало по колени. Другой охранник был ранен. Рыбина в автомобиле не было по чистой случайности. Он выехал с улицы Лестева и поехал домой. За ним была слежка, впоследствии это было установлено. И по ходу движения позвонила жена и предложила ему приехать на проспект Вернадского, где у племянника был день рождения. Он не хотел ехать, но спасла жена, он заехал", – рассказал бывший старший оперуполномоченный МВД России Александр Смирнов.
Выживший после двух покушений предприниматель Рыбин в эфире "России 24" винит в преступлениях экс-главу ЮКОСа.
"Кровь эта на одном человеке, на Ходорковском. Все это делалось по его указанию, все это делалось для того, чтобы убрать с дороги всех, кто противостоял его замыслам, его хищениям", – уверен бизнесмен.
В декабре 2015-го года СК России вынес постановление о привлечении экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского в качестве обвиняемого в организации убийства мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, а также двух покушений на убийство Евгения Рыбина.
В ноябре 2025 года Ходорковский был внесен в перечень террористов и экстремистов.